Sesi latihan Moto3 di Malaysia harus ditunda selama 35 menit karena adanya tumpahan oli di Tikungan 6, yang mengkontaminasi trek. Meskipun demikian, cuaca mulai membaik meski awan tebal masih menggantung di Tikungan 3 dan 4, sebelum menyebar ke bagian tikungan terakhir. Hal ini menyebabkan para pembalap segera keluar dari garasi mereka sebelum hujan turun, dengan banyak dari mereka memasang ban slick untuk menghadapi kondisi trek yang belum sepenuhnya kering di beberapa titik.
Pembalap Hakim Danish berhasil mengamankan posisi teratas dengan waktu 2:15,124, unggul atas Marco Morelli dan Valentin Perrone. Namun, pembalap wildcard Malaysia ini segera turun ke posisi keenam setelah Jacob Roulstone mencatat waktu tercepat, diikuti oleh Taiyo Furusato, Angel Piqueras, Brian Uriarte, dan Perrone.
Adapun Maximo Quiles mengalami kesulitan di trek, nyaris jatuh di Tikungan 15 namun mampu mengendalikan motornya dan beralih ke area kerikil. Pada 10 menit pertama, ia berada di peringkat ke-17. Beberapa pembalap bahkan terpaksa melanggar batas lintasan untuk menghindari area yang basah saat keluar dari Tikungan 15.
Quiles berhasil mencuri posisi teratas dengan waktu 2:13,021, sementara Danish yang sempat terpuruk naik kembali ke posisi kedelapan. Di kelas kecil, atlet Angel Piqueras berhasil mendominasi dengan waktu 2:12,776, mengalahkan Quiles yang turun ke posisi ketiga. Jose Antonio Rueda sendiri saat itu berada di posisi ke-18 setelah 15 menit.
Pada runtutan akhir sesi latihan, Alvaro Carpe, Angel Piqueras, dan beberapa pembalap lainnya meningkatkan kecepatan mereka. Carpe mampu menggeser posisi Rueda dengan mencatat waktu 2:11,187, sementara Rueda terdorong ke posisi ke-15 karena kecelakaan Jacob Roulstone di Tikungan 4 yang menyebabkan bendera kuning.
Meskipun awalnya mengalami kesulitan, Rueda mampu memperbaiki posisinya ke urutan kelima menjelang berakhirnya sesi latihan. Sementara itu, pembalap lain seperti Perrone dan Quiles mengalami kendala di trek, dengan Perrone gagal melaju ke Q2 setelah terjatuh di Tikungan 4.
Dalam 14 detik terakhir, Rueda kembali memimpin dengan waktu tercepat 2:11,152, disusul oleh Carpe, Uriarte, Piqueras, Almansa, Furusato, Kelso, Roulstone, Lunetta, Ogden, Danish, Bertelle, O’Shea, dan Fernandez. Semua akan bersaing langsung di Q2, menambah tensi persaingan di sesi latihan Moto3 Malaysia.
