Pada Sabtu siang, Albert Arenas memberikan kejutan dengan meraih posisi pertama dalam kualifikasi Moto2 Austria 2025 setelah mencatat waktu 1:33,615. Hal ini membuatnya unggul atas Tony Arbolino dan Izan Guevara. Selama 15 menit awal sesi kualifikasi, tidak ada pergerakan signifikan di zona lolos langsung ke kualifikasi kedua. Namun, Arenas berhasil mempertahankan posisi puncak dalam periode tersebut sebelum diinvestigasi oleh Steward terkait insiden dengan Manuel Gonzalez.
Aron Canet kemudian berhasil merebut posisi teratas setelah 16 menit, dengan mencatat waktu 1:33,609, hanya unggul tipis 0,006 detik dari Arenas. Namun, Arenas mengalami kecelakaan di Tikungan 7 sisa 16 menit, mengharuskannya berharap agar timnya bisa memperbaiki motornya dengan cepat agar tidak tergeser dari 14 besar.
Sementara itu, Arbolino terlempar dari persaingan setelah jatuh di Tikungan 1, sementara Gonzalez yang kurang impresif di sesi pagi, berhasil memperlihatkan kecepatan terbaiknya. Beberapa pembalap yang mengalami kesulitan pada latihan bebas pertama berjuang keras untuk lolos ke kualifikasi kedua. Selain Canet dan Ortola, pembalap lain yang berhasil melaju ke Q2 antara lain Celestino Vietti, Filip Salac, Diogo Moreira, Marcos Ramirez, Daniel Holgado, Alonso Lopez, Senna Agius, Izan Guevara, dan Barry Baltus.