Pada Sabtu tertanggal 12 April 2025, Marc Marquez berhasil mempertahankan strategi andalnya di Sirkuit Losail yang sebelumnya bukanlah favoritnya. Dalam sesi percobaan, Alex Marquez, sang adik, mampu mencatatkan waktu terbaik. Namun, pada percobaan terakhir, Marc Marquez berhasil meraih catatan waktu absolut yang hampir 0,3 detik lebih cepat dari sebelumnya. Ini menjadi kali pertama sejak 2021 (Pecco Bagnaia) di mana seorang pembalap meraih empat pole position secara beruntun. Rekor pole position tertinggi di MotoGP masih dipegang oleh Marc Marquez sendiri, dengan total 70 pole position di kelas utama dan 98 di kejuaraan dunia.
Alex Marquez, salah satu kandidat kuat untuk meraih kemenangan pada hari Minggu, akan memulai balapan dari posisi kedua setelah penampilan luar biasanya dalam sesi kualifikasi, yang bahkan mengendarai motornya sendiri. Dengan dua pembalap teratas di klasemen start dari barisan depan, Pecco Bagnaia yang harus start dari urutan ke-12 akan menghadapi tantangan besar dalam meraih poin tambahan. Barisan depan akan ditutup oleh Fabio Quartararo, yang terakhir kali start dari baris depan adalah pada Grand Prix Belanda tiga tahun lalu (2022).
Di posisi keempat, Franco Morbidelli berhasil mengalahkan Fabio Di Giannantonio (urutan kelima) dengan selisih waktu yang signifikan, menunjukkan performa terbaiknya di awal musim. Valentino Rossi yang hadir di Qatar untuk menyaksikan para pembalap timnya, turut menyaksikan penampilan tangguh anak buahnya. Sedangkan Maverick Vinales, berada di urutan keenam, menjadi pembalap KTM terdepan, sementara Johann Zarco di posisi ketujuh menjadi rekannya. Fermín Aldeguer akan memulai balapan dari urutan kedelapan, menandai penampilan yang sangat baik bagi pembalap Spanyol dari tim Gresini. Sedangkan Alex Rins dan Ai Ogura menempati urutan kesembilan dan kesepuluh, melengkapi posisi sepuluh besar.
Kedua pembalap Spanyol dan Jepang itu berhasil lolos dari Kualifikasi 1, di mana Jorge Martín yang masih dalam masa pemulihan cederanya berhasil finis di urutan keempat dan harus memulai balapan dari urutan P14 atau baris kelima. Rookie dari Jepang, Ai Ogura, bersama dengan Alex Rins yang melaju atas Aprilia Trackhouse, berhasil lolos dari Q1. Namun, performa luar biasa dari Jorge Martin yang menempati posisi kedua dengan ban pertama membuatnya finis di urutan keempat, sangat dekat dengan rekan setimnya Marco Bezzecchi. Ogura, yang merupakan rekan setim Martin, memutuskan untuk tidak memberikan kemudahan pada pebalap Spanyol tersebut dan memilih menarik diri untuk start kedua.
