Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan ketika tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga sekolah dasar. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, memimpinnya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas ternama di Amerika Serikat, meskipun ia memiliki prestasi yang tinggi di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, karena perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, sehingga menyebabkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh layanan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Menariknya, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya murid Indonesia di sekolahnya.
